為配合營業人及電子發票實務作業需求並加強管理機制，財政部於 106 年 1 月 12 日修正發布「電子發票實施作業要點」，除修正增訂電子發票證明聯「格式二」，考量營業人及加值服務中心須配合調整相關系統，自 106 年 4 月 1 日生效外，其餘修正規定自中華民國 106 年 1 月 1 日生效。本次修正(或新增)規定重點如下：
一、修正新增電子發票證明聯(格式二)之格式，以符合營業人營業需要。（修正第 2 點及附件）
二、營業人或加值服務中心電子發票系統應依規定自我檢測；加值服務中心如發現營業人開立電子發票異常應通知營業人改善，以降低電子發票開立異常風險。（修正第 7 點、第 10 點及第 16 點）
三、除無實體店面之營業人外，營業人應具備讀取共通性載 2具之條碼掃描機具或設備，以利民眾以共通性載具索取無實體發票，落實無紙化政策。(修正第 21 點)
四、營業人接受消費者使用之載具，無法於整合服務平台查詢、捐贈或歸戶者，應依規定自整合服務平台下載中獎清冊，並依規定通知中獎人，以提升無實體電子發票專屬獎項獎金兌領率。(修正第 23 點)
五、加值服務中心違反本作業要點、其他相關法律或資訊安全管理規範，所在地主管稽徵機關得要求其限期改善。(修正第 26 點)
六、考量目前尚有部分買受人資訊化程度無法配合於整合服務平台、加值服務中心或自有之電子發票系統接收電子發票，將買受人得以取得電子發票證明聯為接收電子發票方式之實施期限展延至 107 年 12 月 31 日止。(修正第 31 點)
財政部表示為確保消費者權利，此次修正明確規範實體店面電子發票營業人應設置掃描機具，以利消費者掃讀共通性載具，另規範營業人應依規定至財政部電子發票整合服務平台下載中獎清冊並通知持會員載具之中獎人，以確保消費者權利。
財政部進一步提醒，為了不讓民眾中獎電子發票因未兌領而與財神擦身而過，請民眾多利用電子發票載具歸戶功能及設定領獎銀行帳戶【操作手冊置於財政部電子發票整合服務平台網站(網址：www.einvoice.nat.gov.tw)，路徑：首頁>文件下載 >電子發票推動資訊 >文件下載>消費者－手機條碼操作手冊】，除可作消費管理，隨時查閱電子發票資料外，尚可享自動兌獎及中獎通知服務，節省收集發票及對獎時間。已設定帳戶者，中獎獎金扣除應扣繳稅額後，直接匯入該設定帳戶，免除奔波領獎之時間成本及印花稅負擔，好處多多。
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